Isolado após o impeachment da ex-presidente Dilma Rousseff, o PT não apoiará nenhum candidato em 12 das 18 capitais onde haverá segundo turno nas eleições. Ao contrário das eleições de 2012, quando apoiou candidatos de partidos da base aliada da então presidente como PP, PTB e PDT, desta vez o partido anunciou apoio apenas ao PSOL em Belém e no Rio de Janeiro. O cenário é resultado de uma orientação do diretório nacional do partido, que determinou o apoio no segundo turno a candidatos do PDT, PSOL, PC do B e Rede —partidos cuja maioria dos deputados votou contra o impeachment de Dilma.
O PT disputa o segundo turno com candidato próprio apenas no Recife, onde o ex-prefeito João Paulo Lima tenta retornar ao cargo. O partido compõe a chapa de aliados em São Luís e em Aracaju desde o primeiro turno, apoiando, respectivamente, Edivaldo Holanda Júnior (PDT) e Edvaldo Nogueira (PC do B).
Em Macapá, única capital em que o partido ainda não tomou uma decisão, a tendência é de apoio à reeleição de Clécio Luis (Rede). Contudo, a aliança do partido com do DEM, que indicou o vice na chapa, é alvo de resistência entre os petistas.
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